以“科学实验”与“国家分裂”为背景，讲述失忆的天才物理学家桐生战兔与热血青年万丈龙我联手对抗外星生命体“Evolto”的故事。因“潘多拉魔盒”开启引发的“天空之墙”事件，日本分裂为东都、西都、北都三国，而Evolto化身人类潜伏多年，通过制造“猛击者”怪物激化国家矛盾，企图重启魔盒吞噬地球。战兔利用“Build驱动器”与“满装瓶罐”变身假面骑士Build，龙我则觉醒为假面骑士Cross-Z。随着剧情深入，战兔被迫直面自己已经忘记的过去……